Después de la conquista española surge la guerra civil de los conquistadores que fue un conflicto que estrello entre los propios españoles. A pesar de conquistar un territorio importante que les ayudo a la mucho en el sentido colonial. El hambre que tenían se descontroló rápidamente esto hizo que provoquen desacuerdos. Quienes eran de los grupos principales fueron los que se enfrentaron quien encabezaba Francisco Pizarro y Diego de Almagro, quienes alguna vez fueron socios pero se convirtieron en competidores por el dominio de las tierras moderadas, particularmente el área de Quito. Este conflicto tuvo varias causas: principalmente el desacuerdos sobre el reparto del botín, sobre el control político y económico del territorio y el reconocimiento de la Corona española.  También una de las principales causas fue la ambición por el poder y las riquezas.

A todo esto se le sumó la falta de la autoridad colonial estable, lo que permitió que la violencia entre conquistadores creciera y se prolongara durante varios años. Esto dejó consecuencias profundas en el periodo colonial, primero debilitó la estructura de poder español en América, que generaba un clima de inestabilidad y desconfianza, esto también afectó gravemente a las poblaciones indígenas que ya sufrían los estragos de la conquista y después ya eran víctimas de la violencia aún más caótica.

En si la guerra civil de los conquistadores no solo fue por una lucha para conseguir poder entre españoles, sino un evento clave que marcó los cimientos desiguales y conflictivos de la época colonial, que marcó la historia colonial.