Los números enteros son fundamentales en Química porque permiten representar cantidades positivas y negativas en diversos procesos. Se usan para indicar cargas eléctricas de los iones (como +1 o –1), números de oxidación (que muestran la pérdida o ganancia de electrones), y variaciones de energía en reacciones químicas (positivas si se absorbe energía, negativas si se libera).

También se aplican en la escala de pH, mediante potencias de 10 con exponentes enteros, en los números cuánticos que describen los niveles de energía de los electrones, y en el balanceo de ecuaciones químicas, donde se igualan átomos y cargas usando números enteros.