Un árbol de problemas contiene tres partes principales: el tronco, las raíces y las hojas.

El tronco 

El problema principal, el núcleo de la problemática que se quiere analizar.

Las raíces 

Las causas directas e indirectas que originan el problema central.

Se pueden identificar causas de primer, segundo o tercer nivel, dependiendo de la profundidad del análisis.

Las hojas 

Los efectos o consecuencias del problema central.

Pueden ser efectos directos, indirectos, a corto o largo plazo.