·  Las Vegas: Ubicada en la Península de Santa Elena. Fue el primer asentamiento humano conocido en Ecuador. Sus habitantes se dedicaban a la recolección, caza y pesca, y ya practicaban la horticultura. Se han encontrado evidencias de entierros debajo de las viviendas.

·  Valdivia: (3.500 a.C. - 1.800 a.C.) Es la cultura más antigua de América en desarrollar la alfarería. Se asentó en la costa (Manabí, Santa Elena). Famosa por sus "Venus de Valdivia" (figurillas femeninas de arcilla relacionadas con la fertilidad). Practicaban la agricultura (maíz, frijol, calabaza) y la pesca. 

·  Machalilla: (1.800 a.C. - 1.000 a.C.) Ubicada en la costa (Manabí y Santa Elena). Se considera una evolución de Valdivia. Característica por la deformación craneana artificial (vertical y occipital) en sus representaciones cerámicas y en sus individuos, que podría indicar estatus social. Sus vasijas a menudo tienen asas en forma de estribo.

·  Chorrera: (1.000 a.C. - 100 a.C.) Su centro estuvo en el río Babahoyo (Guayas), pero su influencia se extendió por casi toda la costa y algunas zonas de la sierra. Destacaron por su cerámica fina y elaborada, incluyendo botellas silbato y representaciones zoomorfas.

·  La Tolita: (Esmeraldas) Conocida por su extraordinaria orfebrería (oro, platino, cobre), sus máscaras ceremoniales y su cerámica. Se han encontrado figurillas con deformaciones craneanas y tatuajes.

·  Bahía: (Manabí) Famosa por sus grandes figuras de cerámica, urnas funerarias y sellos. Tuvo importantes contactos comerciales.

·  Jama-Coaque: (Manabí y Esmeraldas) Destacaron por su cerámica figurativa que representa escenas de la vida cotidiana, animales y seres míticos.

·  Guangala: (Manabí y Santa Elena) Desarrolló técnicas agrícolas y de pesca avanzadas. Producción de cerámica variada.

·  Cerro Narrío (Chaullabamba): (Cañar, Azuay) Cultura serrana con una cerámica distintiva.

·  Tuncahuán: (Chimborazo) Otra cultura importante de la sierra.

·  Manteño-Huancavilca: (Manabí, Guayas) Una de las culturas más importantes de la costa en este período. Eran hábiles navegantes y comerciantes, utilizando balsas con velas. Conocidos por sus sillas de piedra (sillas manteñas), sus "ídolos de paja" y la deformación craneana.

·  Cañari: (Azuay, Cañar) Poderosa confederación en la sierra. Conocidos por su resistencia a la conquista incaica y por sus construcciones de piedra (como el complejo de Ingapirca, aunque con influencia inca posterior).

·  Puruhá: (Chimborazo) Otra cultura serrana densamente poblada, que también resistió a los Incas.

·  Quitu-Cara: (Pichincha, Imbabura) Formaron señoríos importantes en la sierra, como el Señorío de Quito.

·  Milagro-Quevedo: (Guayas, Los Ríos) Culturas de las llanuras que se caracterizaron por sus "tolas" (montículos artificiales) y sus trabajos de orfebrería.

·  Paltas: (Loja) Fueron una de las primeras culturas del sur de Ecuador en ser conquistadas por los Incas.