Los niveles jerárquicos principales en la taxonomía de los microorganismos, de mayor a menor, son: Dominio, Reino, Filo (o División), Clase, Orden, Familia, Género y Especie. Esta clasificación permite organizar a los microorganismos según sus características morfológicas, genéticas y fisiológicas. 

Por ejemplo, Escherichia coli pertenece al dominio Bacteria, familia Enterobacteriaceae, género Escherichia y especie coli .